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1、第三十八章 蛋白質(zhì)合成及轉(zhuǎn)運(yùn)
第一節(jié) 蛋白質(zhì)合成的分子體系
一.mRNA 是蛋白質(zhì)合成的模板(見上一章)
二.tRNA 轉(zhuǎn)運(yùn)活化的氨基酸至mRNA 模板上
1957 年Hoagland,M.B.發(fā)現(xiàn)一類穩(wěn)定的RNA 小分子,不與核糖體結(jié)合,因而不同于mRNA 和rRNA。
Crick, F.比較了核酸和氨基酸的大小和形狀后,認(rèn)為不可能在空間上互補(bǔ),因此預(yù)測:存在一類分子轉(zhuǎn)換器,使信息從核酸序列轉(zhuǎn)換成氨基酸序列;這種分子很可能是核酸;它不論以何種方式進(jìn)入蛋白質(zhì)翻譯系統(tǒng)的模板,都必須與模板形成氫鍵(即配對);有20 種分子轉(zhuǎn)換器,每種氨基酸一個;每種氨基酸必定還有一個對應(yīng)的酶,催化與
2、特定的分子轉(zhuǎn)換器結(jié)合。
1963 年,Ehrenstein 等人用實(shí)驗(yàn)證明了Hoagland 發(fā)現(xiàn)的分子就是Crick 預(yù)言的分子轉(zhuǎn)換器,即tRNA。
三.核糖體是蛋白質(zhì)合成的工廠
早在本世紀(jì)30 年代后期就發(fā)現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中都有核酸存在,不過用1924 年福爾根發(fā)明的染色法只能使細(xì)胞核中的核酸染色。但兩種核酸在260nm 的吸收非常相似。1941 年,細(xì)胞學(xué)家J.Brachet 和T.Caspersor 注意到細(xì)胞質(zhì)中的核酸與蛋白質(zhì)的合成有密切的關(guān)系。50 年代有人用電子顯微鏡和物理化學(xué)手段發(fā)現(xiàn)大腸桿菌細(xì)胞質(zhì)的RNA 常常存在于蛋白質(zhì)合成相關(guān)的顆粒中(?20nm,用35S 進(jìn)行脈沖式
3、標(biāo)記的實(shí)
驗(yàn)證明該顆粒是蛋白質(zhì)合成的所在地),簡稱核糖體。
核糖體得到分離后,發(fā)現(xiàn)含有RNA,即稱rRNA。Watson 等發(fā)現(xiàn)rRNA 的G≠C,A≠U,斷定是一單鏈分子。
大腸桿菌的7 種核糖體RNA 的操縱子:
16S rRNA 在 30S 核糖體亞基中:
大腸桿菌核糖體的三維結(jié)構(gòu):
第二節(jié) 翻譯的步驟
一.氨酰-tRNA 合成酶使氨基酸結(jié)合到特定的tRNA 上
二.每一個氨酰-tRNA 合成酶可識別一個特定的氨基酸和與此氨基酸對應(yīng)的tRNA 的特定部位
兩類氨酰-tRNA 合酶的結(jié)構(gòu)成鏡像關(guān)系,分別與tRNA 的兩側(cè)結(jié)合,圖中可見其
4、空間互補(bǔ)關(guān)系。
氨酰-tRNA 合成酶的辨認(rèn)位點(diǎn):
4 種tRNA 的辨認(rèn)核苷酸:
大腸桿菌的氨酰-tRNAGln 合成酶的晶體結(jié)構(gòu)。大腸桿菌的氨酰-tRNAGln 合成酶的圖解,紫色球代表磷原子。
大腸桿菌tRNAAla 氨基酸臂是酶的辨認(rèn)位點(diǎn)。
3:70 堿基對的多種可能結(jié)構(gòu):
堿基對的多種變化。在不同的堿基配對中位置有明顯變化。
三.一個特殊的tRNA 啟動了蛋白質(zhì)的合成
四.翻譯開始于mRNA 與核糖體的結(jié)合
大腸桿菌核糖體辨認(rèn)的多種SD 序列:
五.蛋白質(zhì)因子幫助蛋白質(zhì)合成的起始
GDPCP 作為GTP 的類似物,抑制GT
5、P 參與的步驟。
六.在氨基酸的摻人過程中有4 個重復(fù)的延伸反應(yīng)
轉(zhuǎn)肽反應(yīng):
23S rRNA 肽基轉(zhuǎn)移酶活性部位的序列。綠色為非保守核苷酸,在三級結(jié)構(gòu)中肽酰-tRNA 轉(zhuǎn)移到中心部位。
七.核糖體反應(yīng)中GTP 的作用:肽鏈合成延伸反應(yīng)中的進(jìn)位和移位
在A/P,E/P 等符號中,分子部分代表其位置在50S 亞基,分母部分代表其位置在30S 亞基。
2 個tRNA(L 形管狀)在延伸反應(yīng)中的位置:tRNA 的反密碼環(huán)指向小亞基的裂縫(mRNA 從此處穿過),氨基酸臂相互靠近,在蛋白質(zhì)合成過程中,tRNA 既可繞氨基酸臂旋轉(zhuǎn),也可繞反密碼臂旋轉(zhuǎn)。黃色區(qū)域是氨酰-
6、tRNA 和延伸因子進(jìn)入的位置。
EF-Tu 和EF-G 的結(jié)構(gòu):EF-Tu 的三個結(jié)構(gòu)域分別用紅,綠和淡藍(lán)色表示,淡紫色表示。tRNAEF-G-tRNA的結(jié)構(gòu)與EF-Tu-tRNA 相似,二者競爭核糖體上的同一個結(jié)合部位。
八.翻譯的終止需要釋放因子和終止密碼子的參加
RF1 識別UAA 和UAG,RF2 識別UAA 和UGA,RF3 協(xié)助二者起作用。
核糖體循環(huán):
多聚核糖體的電鏡照片:
原核生物的轉(zhuǎn)錄翻譯同步進(jìn)行:
色氨酸操縱子可以表達(dá)多種蛋白質(zhì):
第三節(jié) 真核生物肽鏈的合成
真核生物mRNA 的結(jié)構(gòu):
真核生物肽鏈合成的起始分為3 個
7、階段。
eIF4G 是結(jié)合eIF4E:帽子復(fù)合物的多功能接頭polyA 結(jié)合蛋白:
在真核生物中,促進(jìn)氨酰-tRNA 進(jìn)位的延伸因子只有一種EFT1,促進(jìn)移位的為EFT2,真核生物的肽鏈合成終止只需要一種終止因子RF。eIF-2 活性的調(diào)節(jié):
合成的抑制劑:四環(huán)素族(金霉素、新霉素、土霉素):作用于30S 和40S 亞基,阻礙tRNA 與小亞基結(jié)合,易進(jìn)入細(xì)菌,不易進(jìn)入哺乳類細(xì)胞;鏈霉素、新霉素、卡那霉素:作用于30S 亞基,抑制啟動,造成誤譯等;氯霉素、林可霉素、紅霉素:作用于50S 亞基,抑制轉(zhuǎn)肽酶,妨礙移位等;白喉毒素修飾EFT2 的氨基酸,強(qiáng)烈抑制真核生物蛋白質(zhì)的合成
8、;蓖麻蛋白的B 鏈與細(xì)胞結(jié)合,使A 鏈進(jìn)入細(xì)胞,作用于60S 亞基,抑制EFT2 的作用,天花粉蛋白、肥皂毒素、苦瓜素的結(jié)構(gòu)與EFT2 的A 鏈相似,作用機(jī)制與蓖麻蛋白類似;嘌呤霉素可以阻斷氨酰-tRNA 的進(jìn)位;放線菌酮抑制真核生物蛋白質(zhì)的合成;天門冬酰胺酶分解天門冬酰胺,抑制蛋白質(zhì)合成,可用于治療白血病;干擾素可以活化一種蛋白激酶,使eIF2 磷酸化,抑制蛋白質(zhì)合成,還可以活化核酸內(nèi)切酶,分解病毒的mRNA,因而有抗病毒作用,同時,可以活化T 細(xì)胞,有一定的抗腫瘤作用。
白喉毒素對肽鏈合成的抑制:
第四節(jié) 蛋白質(zhì)的運(yùn)輸及翻譯后修飾
一.蛋白質(zhì)通過其信號肽引導(dǎo)到目的地
9、
二.一些線粒體葉綠體蛋白質(zhì)是翻譯完成后被運(yùn)輸?shù)?
由核基因編碼的線粒體外膜蛋白質(zhì)的N 端有線粒體定向肽,起信號肽的作用,可以與外膜上的相應(yīng)位點(diǎn)相識別,定向肽富含帶正電荷的氨基酸及絲氨酸和蘇氨酸,氨基酸序列為:
MLKTSSLFTRRUQPSLFRNILRLQST-。
細(xì)胞色素c1 前體蛋白的N 端有兩個信號肽序列,第一個信號肽序列識別線粒體外膜上的受體蛋白,引導(dǎo)肽鏈進(jìn)入線粒體基質(zhì),隨后被切除;第二個信號肽序列用相似的方式引導(dǎo)肽鏈穿過內(nèi)膜,折疊成天然構(gòu)象,并與血紅素分子結(jié)合。
核基因編碼的葉綠體蛋白N 端有葉綠體轉(zhuǎn)移肽,肽鏈轉(zhuǎn)移的方式與線粒體相似。
三.分泌型的真核蛋白在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)內(nèi)合成
10、
四.高爾基體中多肽的糖基化修飾及多肽的分類
在高爾基體中,對糖蛋白的寡糖鏈進(jìn)行修飾和調(diào)整,將各種多肽分類送往溶酶體、分泌粒和質(zhì)膜等目的地。
五.大腸桿菌蛋白質(zhì)在翻譯的同時也在被運(yùn)輸
細(xì)菌的非細(xì)胞質(zhì)蛋白在核糖體上合成的同時被運(yùn)送到質(zhì)膜或跨過質(zhì)膜,稱作翻譯中運(yùn)輸。新生肽鏈N端有引導(dǎo)序列,可以識別膜蛋白,將正在翻譯的核糖體引導(dǎo)至質(zhì)膜,使合成的多肽鏈定位于質(zhì)膜,或分泌出細(xì)胞,引導(dǎo)序列可以被引導(dǎo)肽酶切除。
六.肽鏈折疊的途徑
分子伴侶非依賴性折疊,折疊在肽鏈合成過程中,或肽鏈被
截短后進(jìn)行;依賴于Hsp70 的折疊;依賴于Hsp70 和分子伴侶
復(fù)合體的折疊,原核生物
11、的分子伴侶復(fù)合體為GroES-GroEL,真
核生物的分子伴侶復(fù)合體為TR1C(TCP1 ring complex)或CCT(cytosolic chaperonin containing TCP1)。
GroEL-GroES 復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能:
七.蛋白質(zhì)的降解
泛酰蛋白質(zhì)的合成:
酸性N-末端蛋白質(zhì)的修飾在蛋白質(zhì)降解系統(tǒng)中有作用。
泛酰蛋白質(zhì)降解的途徑:
八.真核生物基因表達(dá)調(diào)控的總結(jié)
1.DNA 水平的調(diào)控
基因丟失,即DNA 片段或部分染色體的丟失,如蛔蟲胚胎發(fā)育過程有27%的DNA 丟失。
基因擴(kuò)增,即特定基因在特定階段的選擇性擴(kuò)增,如非
12、洲爪蟾卵母細(xì)胞中的rDNA 是體細(xì)胞的4000倍。
DNA 序列的重排,如哺乳動物免疫球蛋白各編碼區(qū)的連接。
染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的變化,通過異染色質(zhì)關(guān)閉某些基因的表達(dá)。
DNA 的修飾,如DNA 的甲基化關(guān)閉某些基因的活性。
2.轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控
染色質(zhì)的活化,如核小體結(jié)構(gòu)的解開、非組蛋白的作用等。
轉(zhuǎn)錄因子的作用,轉(zhuǎn)錄因子與RNA 聚合酶及特定的DNA 序列(啟動子、增強(qiáng)子)相互作用實(shí)現(xiàn)對轉(zhuǎn)錄的調(diào)控。
3.轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控
mRNA 前體的加工,如5′端加帽、3′端加尾、拼接、修飾、編輯等。
mRNA 的選擇性拼接,如抗體基因的選擇性拼接。
4.翻譯水平的調(diào)控
控制mRNA 的穩(wěn)定性,如5′端的帽子結(jié)構(gòu)、3′端polyA 尾巴和mRNA 與蛋白質(zhì)的結(jié)合有利于mRNA的穩(wěn)定。
反義RNA 的作用,反義RNA 可以選擇性抑制某些基因的表達(dá)。
選擇性翻譯,如血紅素缺乏時,通過級聯(lián)反應(yīng)使eIF2 磷酸化。
抑制翻譯的起始。
5.翻譯后水平的調(diào)控
多肽鏈的加工和折疊,如糖基化、乙?;?、磷酸化、二硫鍵形成、蛋白質(zhì)的降解。
氨基酸的重排,如合成伴刀豆蛋白A 時,氨基酸序列大幅度地被剪接重排。
通過肽鏈的斷裂等的加工方式產(chǎn)生不同的活性多肽。